浙江省小儿呼吸疾病诊疗研究中心设在本学科，学科拥有温州医科大学儿科研究所、温州医科大学心脏发育与转化研究所和温州医科大学儿科药物研究所。儿科重点实验室已拓展至3200㎡，研究方向集中在：1、儿童心肺结构畸形的临床与机制研究；2、新生儿缺氧缺血性脑损伤基础和临床研究；3、儿童运动系统结构畸形的临床与机制研究；4、儿童泌尿生殖系统结构畸形的临床与机制研究；5、儿童变态反应疾病的机制和病因学研究；6、儿童疾病分子诊断标记物发现与基因治疗研究；7、儿童的发育与认知；8、儿童感染性疾病的诊治与机制研究等。2020年引进加拿大健康科学院宋伟宏院士，瞄准儿童重大疾病及罕见病整合优势学科，带动儿科临床与基础研究相结合，在国内形成科学研究的高地。 育英儿童医院近10年承担国家科技重大专项1项，国家自然科学基金31项（面上项目18项，青年基金13项），省部级课题68项，厅局级课题340余项，纵向科研经费超过2290万元；获得浙江省科学技术进步奖8项，其中二等奖2项。以第一作者或通讯作者发表SCI收录论文460余篇，论著影响因子最高17.047，中华系列和国内一级期刊论文810余篇。学科位列《中华儿科杂志》2005至2014年发文量最高机构第6位。温州医科大学附属第一医院儿科近年承担3项国家级自然科学基金、4项省级自然科学基金、30余项市科技局课题等，发表SCI论文50余篇。