温州医科大学附属育英儿童医院儿童内科下分儿童保健、呼吸、睡眠、过敏与免疫、新生儿、心血管、神经、精神心理、消化、血液肿瘤、肾脏、风湿、急诊与重症医学、感染、康复、遗传内分泌代谢和儿童普通内科等18个专业。儿童外科涵盖儿童普通外科、儿童泌尿外科、新生儿外科、儿童神经外科、儿童心胸外科、儿童骨科和儿童眼科等专科和亚专科。医院现有儿科床位850余张，全年0-18岁儿童门急诊量158.06万人次，出院病人4.2万人次。 儿童外科作为浙南闽北的外科诊治中心，已广泛成熟地开展各类先天性结构畸形（消化系统、泌尿系统、运动系统、神经系统、心血管系统）的手术治疗、各类儿童实体肿瘤的综合治疗、各类儿童急诊（创伤）外科疾病的综合治疗、各类儿童眼科疾病的治疗等，并且腹腔镜等微创技术已在各专科广泛应用，临床疾病诊治技术达到国内外先进水平。尤其是巨结肠根治术、胆总管囊肿根治术、巨大实体瘤根治术、肾积水根治术、输尿管再植术、外生殖器整形术、新生儿复杂性先天性心脏病矫正术、脑脊液储液囊植入术等技术均处于领先地位。 儿童内科各专业开展先天性心脏病介入治疗、肝穿刺活检、肾穿刺活检、人工气道建立与管理技术、床旁血液净化术、一氧化氮吸入治疗肺动脉高压、亚低温治疗新生儿缺氧缺血性脑病、支气管镜及介入治疗、消化内镜及各种治疗等技术。是浙江省危重新生儿救治中心，医疗服务范围和学科影响力遍及浙南闽北赣东，已辐射至华东地区乃至全国各地。在国家级医学信息研究中心——中国医学科学院医学信息研究所发布的近5年中国医院科技影响力排名中，温州医科大学附属育英儿童医院儿科学位列第16～19位。 温州医科大学附属第一医院儿科现有三个病区，开放床位100张，设有新生儿科、普通儿科，儿童保健科、儿童青少年心理科等亚学科。年门诊量10万多人次，住院病人4000余人次。已开展的专科特色有：新生儿科（新生儿常见病及疑难杂症的诊治，尤其是早产儿住院期间和出院后综合管理、新生儿危急重抢救和遗传咨询等）、儿童保健科（儿童生长发育、营养、心理、体格、气质、疾病防治等）、儿童青少年心理科（儿童神经症、重症精神病、儿童青少年行为障碍、睡眠障碍诊疗、心理问题咨询、心理治疗等）、儿童血液肿瘤（儿童白血病、地中海贫血等）、儿童心血管等。