温州医科大学儿科学教学始于1958年，当时黄达枢教授孤身南下创建温州医学院儿科教研室。1978年，儿科教研室提出三项申请：创建儿科系、建立儿科研究室、招收儿科硕士研究生，并得到了批准，从此儿科系诞生，开始面向全省招收儿科学本科学生（当年招收20名），次年面向全国招收儿科呼吸专业研究生（1981年儿科学成为国务院硕士学位授予点）。2000年更名为儿科临床医学院，2005年9月将“第二临床医学院、儿科临床医学院”统称为“第二临床医学院”并成立临床医学儿科方向班，一直到2016年重新恢复儿科专业招生，同年开始招收儿科5+3学生，儿科学硕士点也逐渐扩大招生。2009年，开始独立招收儿科全日制博士研究生。2019年儿科学专业入选浙江省本科一流专业，2020年入选国家一流本科专业建设点。2021年4月19日成立温州医科大学儿科学院，实行我校儿科医学教育、人才培养、科学研究、学科建设整合式管理模式，温医儿科发展迈上新征程。